功能性食品原料对健康的影响通常是由于它们所含的生物活性化合物。不同的化合物可以在体内发挥特定的作用，但最常见的是共同作用来改变体内的一种或多种生理过程。为了从不同食物所含的不同化合物中获得健康益处，尽可能完整地食用食物是很重要的。例如，全谷物含有谷物的麸皮、胚芽和胚乳。全谷物含有膳食纤维，B族维生素，包括叶酸、烟酸、硫胺素和核黄素，以及微量矿物质，如铁、镁和锌。
这些特殊的营养物质存在于谷物或麸皮的外层，作为内部胚乳和胚乳的保护壳。胚芽含有植物化学物质，如多酚和木酚素、维生素E和维生素B。胚乳提供碳水化合物、蛋白质和能量。一些流行病学研究表明，大量摄入全谷物与降低2型糖尿病、冠心病、中风、肥胖和全因死亡率的风险有关。还报道了降低癌症，特别是结直肠癌的风险。事实上，根据美国癌症研究所的研究，每天食用90克全谷物食品(约3份)已被证明可以降低17%患结肠直肠癌的风险。这些影响归因于全谷物食品所提供的生物活性化合物的组合。据认为，全谷物食品可以通过减少慢性炎症和氧化应激、预防胰岛素抵抗、降低胆固醇水平和改善胃肠道健康来降低癌症、心脏病和糖尿病的风险。总的来说，证据表明，食用粗粮不仅能满足基本营养需求，还能促进健康和预防疾病，因此被认为是一种功能食品。
功能性食品原料的其他例子，它们的生物活性成分，以及相关的健康益处如表3所示。值得注意的是，尽管食物中生物活性化合物的存在很重要，但它们的消化、吸收和代谢也是影响其健康效果的关键因素。对消化、吸收和代谢的潜在影响包括伴随的食物、饮料和/或消耗的营养物质、口腔和肠道微生物群、消耗的数量、消耗的持续时间以及个人的健康状况(例如疾病、遗传和年龄)。此外，食品生产链中的因素，如食品的加工和分销，也会影响食用时食品中生物活性化合物的含量和类型。
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