目前市面上常见的胶原蛋白主要提取来源主要是:牛猪胶原蛋白，鸡骨胶原蛋白和鱼胶原蛋白。
而鱼胶原蛋白又根据原料部位和生长水域分为:淡水鱼皮胶原蛋白、淡水鱼鱼骨胶原蛋白、深海鱼皮胶原蛋白和深海鱼鳞/鱼骨胶原蛋白。虽然統称为胶原蛋白，但是品质和价格差异很大。
牛猪胶原蛋白:是以猪、牛等动物的骨、皮等为原料提取。其产量高、价格低。但是猪原蛋白中脂肪含量高，长期服用易发胖，同的牛、猪殖环境不可控，喂食的饲料等易含激素，更有疯牛病，口蹄疫等病毒风险，相对来说原料安全性较低。
鱼胶原蛋白:是以鱼骨、鱼鳞或鱼皮为原料提取，其中鱼皮胶原蛋白对皮肤最好，它属于I型胶原蛋白，氨基酸组成与人体胶原蛋白最为接近，具有高浓度的甘氨酸，羟脯氨酸和脯氨酸。当摄入鱼皮胶原时，羟脯氨酸是不会被完全消化分解力游离高氨基酸，而是直接进入血液，刺激细胞活化，促进胶原蛋白合成。同时分子量远远小于牛猪胶原，可以直接被小肠壁吸收进入血液，所以生物利用度(吸收率)更高，是其他胶原的约15倍。
另外，现在海洋生态污染严重，所以生态湖库的淡水鱼比深海鱼更安全，湖库生态修复工程让鱼生长环境更干净，没有水质污染，更不会有激素影响。鱼皮胶原蛋白因其生态修复技术要求高，提取过程更复杂，所以成本及售价略高，适合对健康要求更高的爱美人士。
